О каком лимите идет речь? Если о том, сколько бойцов можно взять на миссию, то он есть. А вот каких-то ограничений на количество присоединяемых бойцов не заметил. В ходе кампании "Гений стратегии" у меня количество бойцов по ходу миссии порой превышало 30 человек. Проблемы были только с их отображением в окне - только 12 юнитов, остальные не отображаются, но они в команде и выделять их надо непосредственно на местности.
По поводу перехода в бункер не исследовал, можно ли преодолеть лимит в 12 бойцов и единиц техники, как-то не было необходимости.